Do Bùi Quang Huy bỏ trốn nên cơ quan điều tra chưa chứng minh được ý thức chủ quan của bà Nguyễn Thị Trúc Chi Hoa (vợ nguyên chủ tịch UBND TP Hà Nội Nguyễn Đức Chung) trong việc ký hợp đồng là để giúp Huy hợp thức hồ sơ năng lực, tham gia đấu thầu.
 
Cơ quan cảnh sát điều tra Bộ Công an (C03) vừa ban hành kết luận điều tra, đồng thời đề nghị Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao truy tố nguyên chủ tịch UBND TP Hà Nội Nguyễn Đức Chung về tội Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ trong vụ án vi phạm quy định đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng xảy ra tại Sở Kế hoạch và Đầu tư (KH-ĐT) Hà Nội và một số đơn vị liên quan. Cùng với đó, 6 bị can khác cũng đề nghị truy tố tố do vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng.
 
Theo kết luận, trong quá trình Sở KH-ĐT tổ chức đấu thầu gói thầu số hóa hồ sơ đăng ký doanh nghiệp năm 2016 trên địa bàn TP Hà Nội, do có mối quan hệ quen biết và được Bùi Quang Huy, tổng giám đốc Công ty Nhật Cường, nhờ nên ông Chung đã chỉ đạo đình chỉ thầu không đúng thẩm quyền, can thiệp trái pháp luật vào hoạt động đấu thầu.
 
Tiếp đó, ông Chung yêu cầu sở KH-ĐT cho Công ty Nhật Cường thực hiện thí điểm số hóa đối với gói thầu với động cơ cá nhân là để cho Công ty Nhật Cường tham gia đấu thầu, trúng thầu và hưởng lợi ích, đồng thời để Công ty Minh Hoa (do vợ ông Nguyễn Đức Chung là Nguyễn Thị Trúc Chi Hoa làm giám đốc) ký kết hợp đồng kinh tế với Công ty Nhật Cường (có cơ sở xác định hợp đồng khống) để Liên danh Nhật Cường - Đông Kinh sử dụng hợp thức hoá hồ sơ năng lực để dự thầu và trúng gói thầu số hoá hồ sơ đăng ký doanh nghiệp 2016.
 
Tại cơ quan điều tra, ông Chung khai sau khi vụ án được khởi tố mới biết việc công ty của vợ mình và Nhật Cường ký một hợp đồng kinh tế và dùng chính hợp đồng này làm hồ sơ tham gia thầu.
 
Bà Hoa không khai nhận hợp đồng này là khống, mục đích ký hợp đồng là để mua phần mềm quản lý doanh nghiệp cho công ty, không phải để giúp Bùi Quang Huy hợp thức hồ sơ năng lực, không biết việc Công ty Nhật Cường tham gia đấu thầu; và việc ký hợp đồng không liên quan đến ông Nguyễn Đức Chung.
 
Tuy nhiên, bị can Bùi Quang Huy đang bỏ trốn, chưa ghi được lời khai nên chưa chứng minh, kết luận được ý thức chủ quan của bà Hoa trong việc ký hợp đồng là để giúp Huy hợp thức hồ sơ năng lực, tham gia đấu thầu. Vì vậy, chưa đủ căn cứ xem xét, xử lý hình sự đối với hành vi của bà Nguyễn Thị Trúc Chi Hoa.
 
Theo kết luận, tài liệu thu thập tại Công ty Minh Hoa, Cục Thuế Hà Nội, dữ liệu trích xuất từ hệ thống phần mềm ERP của Công ty Nhật Cường cùng lời khai của các bị can là nhân viên của Nhật Cường thể hiện "hợp đồng ký giữa công ty với Nhật Cường có dấu hiệu là hợp đồng khống".
 
Kết quả xác minh tại Công ty Minh Hoa cho thấy có hợp đồng ký giữa công ty với Nhật Cường về triển khai phần mềm hoạch định tài nguyên doanh nghiệp ERP, biên bản thanh lý hợp đồng và giải trình việc ký hợp đồng là có thật. Hai bên đã nghiệm thu thanh toán bằng tiền mặt nhưng không cung cấp được chứng từ chuyển tiền.
 
Kết quả xác minh tại Cục Thuế Hà Nội cho thấy báo cáo tài chính các năm 2015, 2016, 2017 của Công ty Minh Hoa không thể hiện tài sản nào trị giá 40,8 tỉ đồng. Bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa, dịch vụ mua vào không có khoản nào thể hiện việc mua phần mềm ERP.