Hội đồng quản lý Quỹ có 7 thành viên, gồm: Chủ tịch, 01 Phó Chủ tịch và các thành viên. Trong đó, Chủ tịch Hội đồng quản lý Quỹ là Phó Chủ tịch UBND tỉnh. Phó Chủ tịch Hội đồng quản lý quỹ kiêm Giám đốc Quỹ. Các thành viên khác là lãnh đạo các Sở: Tài chính, Tài nguyên và Môi trường, Kế hoạch và Đầu tư, Văn phòng UBND tỉnh, Chi nhánh Ngân hàng nhà nước tỉnh do Chủ tịch UBND tỉnh quyết định.
Các thành viên của Hội đồng quản lý Quỹ hoạt động theo chế độ kiêm nhiệm. Riêng Phó Chủ tịch Hội đồng quản lý Quỹ kiêm Giám đốc Quỹ hoạt động theo chế độ chuyên trách. Việc bổ nhiệm, miễn nhiệm, bãi nhiệm thành viên Hội đồng quản lý Quỹ do Chủ tịch UBND tỉnh quyết định.
Hội đồng quản lý Quỹ làm việc theo chế độ tập thể, quyết định theo đa số, trong trường hợp biểu quyết ngang nhau thì thực hiện theo phía có biểu quyết của Chủ tịch Hội đồng quản lý Quỹ. Hội đồng quản lý Quỹ họp định kỳ để xem xét và quyết định những vấn đề thuộc thẩm quyền và trách nhiệm của mình. Hội đồng quản lý Quỹ họp bất thường để giải quyết các vấn đề cấp bách trong trường hợp cần thiết.
Quỹ phát triển đất Nghệ An là tổ chức tài chính nhà nước, trực thuộc UBND tỉnh Nghệ An; hoạt động theo cơ chế tài chính đối với đơn vị sự nghiệp công lập có thu, tự đảm bảo một phần chi thường xuyên. Quỹ có tư cách pháp nhân, hạch toán độc lập, có con dấu riêng, được mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước tỉnh và các tổ chức tín dụng để hoạt động theo quy định của pháp luật.
Quỹ có chức năng nhận vốn từ ngân sách nhà nước phân bổ khi bắt đầu thành lập và bổ sung định kỳ hàng năm, tiếp nhận các nguồn vốn khác để ứng vốn và chi hỗ trợ trong lĩnh vực bồi thường, hỗ trợ và tái định cư; tạo quỹ đất và phát triển quỹ đất phục vụ phát triển kinh tế - xã hội của địa phương.
Quỹ hoạt động theo nguyên tắc bảo toàn vốn, bù đắp chi phí phát sinh trong quá trình hoạt động và không vì mục đích lợi nhuận. Việc sử dụng Quỹ phải đúng mục đích, công khai, minh bạch, hiệu quả và phù hợp với quy định của pháp luật.
Nguồn vốn hoạt động của Quỹ bao gồm vốn nhà nước cấp và các nguồn vốn hợp pháp khác. Hàng năm, căn cứ vào kế hoạch sử dụng đất và tình hình hoạt động, UBND tỉnh trình HĐND tỉnh bổ sung vốn cho Quỹ, đảm bảo phù hợp với điều kiện thực tế của tỉnh. Các nguồn vốn hợp pháp khác của Quỹ gồm: Vốn viện trợ, tài trợ, hỗ trợ hoặc ủy thác quản lý của các tổ chức quốc tế, tổ chức và cá nhân trong nước và ngoài nước theo chương trình hoặc dự án viện trợ, tài trợ, ủy thác theo quy định của pháp luật./.