Theo nội dung của kết luận, thời gian qua, Di tích Đền Chợ Củi đã đáp ứng nhu cầu văn hoá tâm linh của Nhân dân cả nước nói chung và Nhân dân Hà Tĩnh nói riêng. Việc khai thác các hoạt động tại di tích đã tạo việc làm cho một số lao động địa phương và thu nhập cho một số hộ dân sinh sống ở khu vực phụ cận của di tích, đồng thời góp phần vào nguồn thu ngân sách địa phương.
Từ khi thành lập Ban Quản lý di tích Đền Chợ Củi, cùng với chỉ đạo của các cấp chính quyền địa phương, hoạt động tại di tích đã có phần đi vào nề nếp, ổn định hơn trước, thu hút du khách thập phương về hành lễ ngày càng đông. Các loại hình dịch vụ cho khách hành hương từng bước được đáp ứng, công tác đảm bảo an ninh trật tự, vệ sinh môi trường, phòng cháy chữa cháy được quan tâm, cơ bản phục vụ tốt nhu cầu sinh hoạt văn hóa tín ngưỡng của Nhân dân.
Tuy nhiên, theo nội dung kết luận, về công tác quản lý di tích của Ban Quản lý di tích Đền Chợ Củi vẫn còn tồn tại nhiều hạn chế cần khắc phục như Ban Quản lý di tích chưa thể hiện được vai trò, chức năng nhiệm vụ được giao; công tác quản lý các hoạt động tại di tích vẫn còn nhiều bất cập, hạn chế. Ban Quản lý di tích chưa thực hiện đầy đủ chức năng, nhiệm vụ quản lý các nghiệp vụ kinh tế, tài chính phát sinh thuộc thẩm quyền dẫn đến chưa tổng hợp báo cáo đầy đủ toàn bộ số tiền thu được từ Khu di tích Đền Chợ Củi.
Đến nay phần lớn các hạng mục công trình chưa được đầu tư xây dựng theo quy hoạch; chính quyền địa phương chưa thực hiện việc cắm mốc quy hoạch và ban hành quy định quản lý quy hoạch nên khó khăn trong công tác quản lý, xuất hiện tình trạng xây dựng trái phép trên đất Nhà nước quản lý, vi phạm hành lang bảo vệ sông.
Việc giao khoán cho gia đình "Thủ nhang" (ông Nguyễn Sỹ Quý, ông Nguyễn Sỹ Hóa) thu, chi và quản lý tiền công đức, tiền tài trợ của các tổ chức, cá nhân mà không có quy chế phân cấp rõ ràng cụ thể về nguồn thu, nhiệm vụ chi; không ban hành quy chế giám sát, phối hợp kiểm kê nguồn thu công đức giữa gia đình "Thủ nhang" và Ban Quản lý di tích, dẫn đến Ban Quản lý di tích hoàn toàn không nắm được số liệu thực tế các khoản thu, chi này; hằng năm không ban hành quyết định về mức kinh phí giao khoán và cũng không thực hiện việc điều chỉnh kinh phí giao khoán tiền công đức theo mức độ đóng góp công đức của người dân, du khách.
Đối với nguồn thu từ hoạt động dịch vụ khác như dịch vụ cúng lễ, dịch vụ viết tấu sớ, dịch vụ cho thuê ki ốt bán hàng trong khuôn viên khu di tích chưa được đưa vào quản lý. Việc tổ chức các lễ hội chưa được quan tâm đúng mức...
Việc tái đầu tư, tôn tạo di tích từ nguồn công đức không được thực hiện dẫn đến di tích ngày càng xuống cấp, không đảm bảo mỹ quan và an ninh - trật tự….
Để khắc phục các hạn chế, giải quyết dứt điểm các nội dung tồn tại nêu trên, Chủ tịch UBND tỉnh giao UBND huyện Nghi Xuân triển khai cắm mốc và tổ chức thực hiện Quy hoạch chi tiết Khu di tích Lịch sử - Văn hóa Quốc gia Đền Chợ Củi (tỷ lệ 1/500) đã được UBND tỉnh phê duyệt tại Quyết định số 3474/QĐ-UBND ngày 30/11/2010; Tổ chức bảo vệ di tích theo đúng quy định của Luật Di sản và các pháp luật khác liên quan, xử lý nghiêm các hành vi vi phạm; Chủ trì, phối hợp với các đơn vị liên quan rà soát hiện trạng sử dụng đất của di tích Đền Chợ Củi và các tổ chức, hộ gia đình, cá nhân ở trong và xung quanh khu vực di tích; xử lý các vi phạm về đất đai (nếu có), tham mưu điều chỉnh quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất theo đúng quy định pháp luật.
Giao Sở Văn hoá, Thể thao và Du lịch, UBND huyện Nghi Xuân và các tổ chức, cá nhân liên quan tiến hành kiểm điểm theo thẩm quyền và làm rõ trách nhiệm đối với các tồn tại, hạn chế đã được chỉ ra trong các nội dung trên.
Giao Sở Xây dựng chủ trì, phối hợp với UBND huyện Nghi Xuân, Sở Văn hoá, Thể thao và Du lịch, Sở Tài nguyên và Môi trường và các đơn vị liên quan rà soát, tham mưu điều chỉnh quy hoạch và sớm triển khai quy hoạch Khu di tích Lịch sử - Văn hóa Quốc gia Đền Chợ Củi phù hợp với thực tiễn, đảm bảo mỹ quan, đúng quy định pháp luật; phục vụ tốt nhu cầu tâm linh, tín ngưỡng của người dân.
Đối với công tác tổ chức quản lý tại khu di tích: giao UBND huyện Nghi Xuân chủ trì, phối hợp với các sở, ngành có liên quan (Sở VHTT&DL, Sở Tài chính, Sở Nội vụ, Công an tỉnh…) xây dựng và ban hành Quy chế quản lý phù hợp, hiệu quả. Đến hết ngày 05/01/2024, chấm dứt việc khoán công tác quản lý tiền công đức của Đền Chợ Củi cho hộ gia đình "Thủ nhang"; thành lập Hội đồng quản lý, kiểm kê hằng ngày hoặc hằng tuần và nộp tiền công đức vào Ngân sách để thực hiện quản lý thu, chi theo đúng quy định pháp luật.
Đối với các gia đình "Thủ nhang": chấm dứt việc chiếm hữu, quản lý khu vực nội tự của Đền Chợ Củi, bàn giao cho Ban Quản lý dịch vụ công ích và các điểm du lịch huyện Nghi Xuân chậm nhất là ngày 15/01/2024; đồng thời phối hợp tốt với các cơ quan chức năng trong việc khắc phục các tồn tại đã nêu ở trên. Nếu các gia đình "Thủ nhang" không thực hiện bàn giao theo đúng thời hạn, giao UBND huyện Nghi Xuân tổ chức cưỡng chế việc bàn giao và thực hiện quản lý toàn bộ Di tích Đền Chợ Củi theo đúng quy định pháp luật.
Đối với khoản tiền công đức còn thiếu đến 31/12/2022 của hộ gia đình Thủ nhang yêu cầu hộ Thủ nhang (ông Nguyễn Sỹ Quý) nộp vào tài khoản tạm giữ của Thanh tra tỉnh, thời gian chậm nhất là sau 20 ngày kể từ ngày ban hành Kết luận thanh tra.
Giao UBND huyện Nghi Xuân thu hồi số tiền chi sai chế độ lương và phụ cấp của các đối tượng và số tiền khoán công tác phí năm 2018 chi sai quy định, nộp vào Tài khoản tạm giữ của Thanh tra tỉnh; thời gian thực hiện chậm nhất là sau 20 ngày kể từ ngày ban hành Kết luận thanh tra.