Tại cơ quan điều tra, bà Hoa cho rằng, hợp đồng ký với công ty Nhật Cường không phải là khống và việc ký hợp đồng không liên quan đến ông Nguyễn Đức Chung.
 
Cơ quan cảnh sát điều tra Bộ Công an (C03) đã ban hành kết luận điều tra, đồng thời đề nghị VKSND Tối cao truy tố bị can Nguyễn Đức Chung, cựu Chủ tịch Hà Nội và 6 bị can khác có liên quan trong vụ án vi phạm quy định đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng xảy ra tại Sở Kế hoạch - Đầu tư Hà Nội và một số đơn vị liên quan.
 
Theo đó, ông Chung bị đề nghị truy tố về tội Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ.
 
Kết luận điều tra cũng nêu việc Công ty TNHH thương mại Minh Hoa - do bà Nguyễn Thị Trúc Chi Hoa (vợ ông Nguyễn Đức Chung) làm Giám đốc có ký kết hợp đồng kinh tế với Công ty Nhật Cường.
 
Sau đó, liên doanh Nhật Cường - Đông Kinh đã sử dụng hợp đồng này để hợp thức hóa hồ sơ năng lực để dự thầu và trúng gói thầu số hóa hồ sơ đăng ký doanh nghiệp năm 2016.
 
Cơ quan điều tra: Ông Nguyễn Đức Chung khai báo không thành khẩn, né tránh, đùn đẩy trách nhiệm cho cấp dưới
Tại cơ quan điều tra, ông Nguyễn Đức Chung khai sau khi cơ quan điều tra khởi tố vụ án mới biết việc Công ty Minh Hoa và Công ty Nhật Cường ký, thực hiện hợp đồng kinh tế số 06-2015 ngày 28/12/2015 thông qua vợ là bà Nguyễn Thị Trúc Chi Hoa.
 
Tài liệu thu thập tại Công ty Minh Hoa, Cục thuế Hà Nội, dữ liệu trích xuất từ hệ thống phần mềm ẺP của Công ty Nhật Cường, lời khai của Lê Duy Tuấn, Võ Minh Hiếu, Nguyễn Ngọc Bảo, Nguyễn Thị Bích Hằng thể hiện Hợp đồng số 06-2015 ngày 28/12/2015 giữa Công ty Minh Hoa và Công ty Nhật Cường có dấu hiệu là hợp đồng khống.
 
Tuy nhiên, bà Hoa không khai nhận hợp đồng này là khống. Bà Hoa khai mục đích ký hợp đồng là để mua phần mềm quản lý doanh nghiệp cho Công ty Minh Hoa, không phải để giúp Bùi Quang Huy hợp thức hồ sơ năng lực.
 
Bà Hoa cũng cho rằng, không biết việc Công ty Nhật Cường tham gia đấu thầu gói thầu số hóa, việc ký hợp đồng không liên quan đến ông Nguyễn Đức Chung.
 
Trong khi đó, kết luận cũng nêu rõ, hiện bị can Bùi Quang Huy đang bỏ trốn, chưa ghi được lời khai nên chưa chứng minh, kết luận được ý thức chủ quan của bà Hoa trong việc ký hợp đồng là để giúp cho Bùi Quang Huy hợp thức hồ sơ năng lực, tham gia đấu thầu.
 
Vì vậy, chưa đủ căn cứ để xem xét, xử lý hình sự đối với hành vi của bà Nguyễn Thị Trúc Chi Hoa.
 
Trước đó, theo kết luận, tại cơ quan điều tra, ông Chung giải thích thân quen Bùi Quang Huy từ năm 2005, 2006 khi còn làm ở Phòng cảnh sát hình sự và có nhờ Huy đến biếu quà cho một số cá nhân vào dịp tết.
 
Ông Chung thừa nhận trong hộp email của mình có email gửi đến từ Huy nhưng "không kiểm tra do không có thời gian". Cựu Chủ tịch Hà Nội không thừa nhận việc chỉ đạo đình chỉ thầu là theo đề nghị của Bùi Quang Huy.
 
Tuy nhiên, cơ quan điều tra kết luận hành vi của ông Chung cùng với hành vi bị cấm trong hoạt động đấu thầu của các cán bộ Sở KH-ĐT dẫn đến hiệu quả, mục đích gói thầu không đạt được (chỉ có 45% tài liệu hồ sơ được đẩy lên hệ thống thông tin quốc gia về đăng ký doanh nghiệp), gây thiệt hại tài sản Nhà nước.
 
Theo kết luận điều tra, ông Nguyễn Văn Tứ, cựu Giám đốc Sở KH-ĐT Hà Nội biết Công ty Nhật Cường là đối tác tin cậy, có quan hệ mật thiết với UBND thành phố nên nói với một đơn vị từng trúng thầu gói thầu năm 2015 "thông cảm cho sở và thôi tham gia gói thầu số hóa năm 2016 vì chủ tịch UBND TP đã can thiệp rồi".
 
Đồng thời, biết kết quả thí điểm số hóa của bên Nhật Cường không đạt yêu cầu nhưng ông Tứ vẫn chỉ đạo thuộc cấp can thiệp để tạo lợi thế cho liên danh Nhật Cường - Đông Kinh trúng thầu.
 
Hành vi của ông Tứ bị cơ quan điều tra quy kết là "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn can thiệp trái quy định pháp luật vào hoạt động đấu thầu", gây thiệt hại hơn 18,3 tỷ đồng.
 
Theo kết luận điều tra cho biết vào dịp tết 2017, Bùi Quang Huy có đến phòng làm việc ông Tứ để biếu một chai rượu và 300 triệu đồng. Ông Tứ nhận thức được số tiền gửi biếu này vì có tham gia chỉ đạo gói thầu.
 
Cũng dịp tết 2017, Lê Duy Tuấn, Giám đốc kinh doanh Công ty Đông Kinh có đến phòng làm việc và biếu ông Nguyễn Tiến Học, cựu Phó giám đốc Sở KH-ĐT Hà Nội, 100 triệu đồng. Ngoài ra,
 
Cả hai cựu lãnh đạo Sở KH-ĐT đã nộp lại "tiền nhận biếu" cho cơ quan điều tra.