Theo cáo trạng, ngoài lần nhận số tiền 5 tỷ đồng, Nguyễn Duy Linh có 4 lần khác nhận các túi quà, hộp quà do Phan Văn Anh Vũ chuyển thông qua các đối tượng trung gian.
 
VKSND Tối cao vừa ban hành cáo trạng truy tố Nguyễn Duy Linh (cựu phó tổng cục trưởng Tổng cục Tình báo, Bộ Công an) tội Nhận hối lộ theo khoản 4, điều 354 Bộ luật Hình sự, với khung hình phạt từ 20 năm tù, đến chung thân hoặc tử hình. 
 
Cùng vụ án, Phan Văn Anh Vũ bị truy tố về tội Đưa hối lộ, theo khoản 4, điều 364 Bộ luật Hình sự với khung hình phạt 12-20 năm tù; Hồ Hữu Hòa bị truy tố về tội Môi giới hối lộ theo khoản 4 điều 365 Bộ luật Hình sự, khung hình phạt 8-15 năm tù. 
 
Theo cáo trạng, ngoài lần nhận số tiền 5 tỷ đồng, Nguyễn Duy Linh có 4 lần khác nhận các túi quà, hộp quà do Phan Văn Anh Vũ chuyển thông qua các đối tượng trung gian. 
 
Lần 1: Sau khi nhận được số tiền 5 tỷ đồng từ Vũ, Linh nhắn tin nhờ Hồ Hữu Hòa đôn đốc Vũ ủng hộ mình về tài chính để lo công việc. 
 
Khi chưa thấy Hòa thực hiện, đầu giờ chiều 28/8/2017, Linh sử dụng thuê bao 0963.XXX.XXX nhắn tin cho số 088.XXX.XXXX của Hòa với nội dung: "Cậu nhận được tin nhắn chưa". Hòa nhắn tin trả lời Linh: "Vâng! Cậu nhận được rồi anh". 
 
Sau đó, Linh tiếp tục nhắn "Sợ Cậu gọi muộn sẽ không chuẩn bị kịp vì ngày mai phải triển khai rồi cậu à". 
 
Sáng hôm sau 29/8/2017, Hòa đã nhắn tin cho Linh nội dung: "Số Viber của Vũ, +6582061613" để Linh tự liên lạc với Vũ. 
 
Trưa cùng ngày, tại sảnh khách sạn Sofitel, số 1 đường Thanh Niên, quận Ba Đình, Hà Nội, Vũ đưa cho ông Nguyễn Đăng Luân 1 chiếc túi du lịch màu đen. Chiếc túi này Vũ khai bên trong có 2 triệu USD (loại tờ mệnh giá 100 USD). 
 
Còn Luân khai trọng lượng khoảng 6kg, không biết bên trong đựng gì và một mảnh giấy ghi số điện thoại của H.N. Tr, trợ lý của Nguyễn Duy Linh. Vũ dặn ông Luân liên hệ theo số điện thoại để giao chiếc túi cho ông Tr. 
 
Nguyễn Duy Linh cũng chỉ đạo H. N. Tr. liên lạc với Nguyễn Đăng Luân để nhận quà. Sau khi thống nhất địa điểm, trưa cùng ngày, Luân giao cho Tr. chiếc túi của Vũ tại trước cửa Khách sạn Daewoo Hà Nội, trên đường Kim Mã. Ông Tr. sau khi nhận túi được Linh bảo đem về cất trong tủ quần áo phòng ngủ của Linh tại trụ sở cơ quan ở số 60 Nguyễn Văn Huyên, quận Cầu Giấy. 
 
Lần 2: Sáng 7/9/2017, ông Luân lái xe đưa Vũ ra sân bay Nội Bài. Sau khi Vũ xuống xe có chỉ vào 1 hộp quà gói trong giấy gói quà màu vàng có thắt nơ và bảo ông Luân liên hệ Hoàng Nam Tr. để giao. 
 
Ông Luân quay về nhà, cất hộp quà vào cốp xe máy SH di chuyển đến ngã tư phố Trần Phú, quận Ba Đình giao cho Tr. còn Tr. nhận quà được Linh bảo đem về để trong phòng ngủ của Linh tại cơ quan. 
 
Lần 3: Ngày 11/9/2017, Vũ đóng 1 thùng xốp mà ông ta khai bên trong có 1 triệu USD và điện ông Nguyễn Đăng Luân lái ô tô lên sảnh khách sạn Sofitel, số 1 đường Thanh Niên, Ba Đình, để nhận. Ông Luân tiếp tục liên hệ với H. N.Tr. nhờ chuyển thùng xốp cho Linh. 
 
 Khoảng 15h cùng ngày, H.N.Tr. đến nhận thùng quà từ Luân tại chung cư Royal City, quận Thanh Xuân, và được Linh báo giao lại lại cho ông Bùi Thể Sự (lái xe của Linh) đem về nhà riêng. 
 
Lần 4: Ngày 10/12/2017, tại khách sạn Sofitel, Vũ đóng 1 thùng xốp rồi dán kín bằng băng dính trắng, Vũ khai bên trong có 1 triệu USD, sau đó mang thùng xốp xuống sảnh khách sạn bảo Nguyễn Đăng Luân giao H. N. Tr. trên phố Hàng Ngang - Hàng Đào, quận Hoàn Kiếm. Tr. gọi điện báo cáo và được Linh chỉ đạo đem thùng xốp về cất tại phòng ngủ tại trụ sở cơ quan, số 60 Nguyễn Văn Huyên, quận Cầu Giấy. 
 
Theo VKS, đối với 4 lần giao nhận quà này, lời khai của ông Nguyễn Đăng Luân và ông H. N.Tr. phù hợp với nhau về diễn biến sự việc, đặc điểm túi quà, thùng quà và phù hợp với với kết quả thu giữ danh sách các cuộc gọi, định vị cột sóng điện thoại giữa hai số thuê bao điện thoại của hai người. 
 
 Tuy nhiên do chỉ có lời khai ban đầu của Vũ về số tiền, những người khác có liên quan không biết cụ thể trong túi quà, thùng quà đựng đồ vật gì. Do đó, Cơ quan điều tra chưa xác định được các túi quà, thùng quà này là gì, có giá trị cụ thể như thế nào.
 
Tháng 6/2017, sau khi bị Bộ Công an điều tra việc "làm lộ bí mật Nhà nước và mua bán, chuyển nhượng nhà đất công sản ở Đà Nẵng", Phan Văn Anh Vũ sợ bị xử lý nên nhờ Hồ Hữu Hòa kết nối để làm quen với ông Linh. Còn Hòa quen ông Linh từ năm 2017, nhiều lần đến nhà riêng của cựu Phó tổng cục trưởng Tổng cục Tình báo để tư vấn phong thủy.
 
Cuối tháng 6/2017, Hòa đến nhà nói với ông Linh việc Vũ nhờ giúp đỡ, tìm hiểu thông tin. Theo đề nghị, Hòa gọi điện cho Vũ qua ứng dụng Viber để ông Linh nói chuyện.
 
Đầu tháng 7/2017, Hòa vào TP. HCM để gặp Vũ. Lần gặp này, Hòa khuyên Vũ cho ông Linh "một ít tiền để công việc được thuận lợi". Theo bản tự khai của Phan Văn Anh Vũ vào hồi tháng 8/2018, bị can đã lấy 500.000 USD và 5 tỷ đồng đưa cho người môi giới chuyển cho ông Linh. VKS cho rằng ông Linh đã nhận được túi quà.
 
Vũ còn trình bày có một lần đóng gói 2 triệu USD và 2 lần gói 1 triệu USD để vào thùng xốp, dán kín rồi đưa cho cựu Phó tổng cục trưởng Tổng cục Tình báo thông qua lái xe của ông Linh.
 
Theo lời khai của Vũ, ngày 17/12/2017, ông Linh gọi qua Viber cho Vũ và nói "việc rất căng, có thể khởi tố bắt giam" và khuyên Vũ "nên đi du lịch qua màn ảnh nhỏ một thời gian ngắn. Cố gắng qua nước châu Âu". Ba ngày sau, Bộ Công an ra quyết định khởi tố bị can, lệnh bắt tạm giam nhưng Phan Văn Anh Vũ bỏ trốn sang Singapore và bị bắt đưa về Việt Nam.